Recherches.

De la classification du vivant Arbres phylogénétiques Comment classer et comprendre les milliers, voire les millions d'organismes différents qui peuplent notre planète ? Dans les premiers temps, les naturalistes se fondaient principalement sur l'observation des caractéristiques physiques des organismes pour les classer. Cependant, cette approche était sujette à des erreurs et ne reflétait pas toujours les véritables relations évolutives entre les espèces. La révolution génétique C'est avec l'avènement des technologies modernes que la classification des espèces a pris un tournant révolutionnair

Base de données NCBI Taxonomy Le NCBI propose une base de données NCBI Taxonomy indicative. La taxonomie du NCBI représente environ 10 % des espèces vivantes de la planète. Elle sert de nomenclature organisée pour les séquences dans des bases publiques. Le TaxID relie les trois bases de l' International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) : DDBJ (Japan), NCBI (États-Unis) et EMBL-EBI (Europe).

Alignement des séquences Principes et méthodes Il existe plusieurs techniques de construction des arbres phylogénétiques, plus ou moins rapides et plus ou moins fiables. On peut optimiser plusieurs critères : la distance, la parcimonie, ou la vraisemblance. Pour les méthodes de distance, on choisit un critère de distance entre les feuilles (par exemple le nombre de nucléotides différents entre deux séquences). Pour déterminer cette valeur, on effectue un alignement puis on peut utiliser la méthode UPGMA ou le Neighbour Joining pour déduire l'arbre. Alignement des séquences Il existe plusieurs